蕺菜为多年生草本，高15-50cm，全株有鱼腥臭味，茎下部伏地。节上生根，上部直立，茎叶常带紫红色。托叶膜质，线形，长1-1.5cm；叶柄长3-5cm；单叶互生，心形或宽卵形，长3-8cm，宽4-6cm，先端短渐尖，基部心形，全缘，上面绿色，下面常紫红色，有多数腺点，叶脉5-7条，脉上有柔毛；下部叶常与叶柄合生成鞘，有缘毛，基部扩大抱茎。穗状花序顶生，与叶对生；总苞4，长圆形或倒卵形，长1-1.5cm，宽5-6mm，白色，花瓣状，花小而密，无花被，仅有极小的1小苞片；雄蕊3，花丝下部与子房合生；雌蕊由3个下部合生心皮组成，子房上位，1室，胚珠多数，花柱3，柱头侧生。蒴果卵形，长约3mm，顶端开裂。种子多数，卵形，有条纹。花期5-7月。果期7-9月。
鱼腥草扁圆柱形，扭曲，长20-35cm，直径0.2-0.3cm；棕黄色，具纵棱数条，节明显，下部节上有残存须根；质脆，易折断。叶互生，叶片卷折皱缩，展平后呈心形，长3-5cm，宽3-4.5cm；先端渐尖，全缘；上表面暗黄绿色至暗棕色，下表面灰绿色或灰棕色；叶柄细长，基部与托叶合生成鞘状。穗状花序顶生，黄棕色。搓碎有鱼腥气，味微涩。