『机动战士高达SEED』
INTRODUCTION
C.E.（宇宙纪元）―― 在这时代存在着经由调整遗传基因， 生来便有杰出体能与头脑的人类（调整者）， 以及自然出生的人类（自然人）。
这两个种族后来分为P.L.A.N.T和地球联合，因为仇恨与彼此的差异而开始互相伤害。C.E.70年发生了“血腥情人节”悲剧，P.L.A.N.T和地球间的紧张气氛瞬间发展为真正的武装冲突。
尽管谁都认为地球联合军将凭借数量优势获得胜利，但战局却出人意料地陷入了长达11个月的僵持。
故事就是从为了救出朋友而参加地球联合军的调整者“基拉”与因母亲死于“血腥情人节”而加入扎夫特的阿斯兰两人命运般的相遇开始的。
虚假的和平转瞬即逝 于枪火中的再会
虚假的和平转瞬即逝 于枪火中的再会
基拉·大和是个生活在中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯上的工科学院学生，他正和往常一样和朋友们有说有笑地一同前去上课。他原本相信日常生活就会这样一直持续下去......但是，这一切被由劳·鲁·克鲁泽率领的扎夫特精英部队“克鲁泽部队”发动的夺取“G”的行动瞬间摧毁。
基拉熟悉的街道变成了战场，地球联合军军官玛琉·拉缪斯发现了正在寻找避难场所的他，并将他带到了尚未被抢走的某台MS的驾驶舱。此时他们受到了扎夫特士兵的袭击，基拉与这位士兵对上了眼神，不禁大吃一惊。眼前的士兵就是他过去的好友阿斯兰·萨拉。玛琉虽然负伤，但依然将基拉推进驾驶舱并启动了MS，白色的巨人在火焰的包围中站起身来，这台MS名为GAT-X10强袭高达。基拉即将与同胞兼好友阿斯兰展开战斗，这也将是一切苦难的开端。
阿斯兰: “基拉？！”
基拉: “阿斯兰？！”
迫近的威胁 强袭首战
迫近的威胁 强袭首战
阿斯兰虽然对偶遇基拉感到非常吃惊，但他还是抢走了剩下的MS——圣盾高达。基拉和玛琉虽然启动了强袭高达，可机体的操作系统并未完成，玛琉甚至不是正规的驾驶员。此时米格尔驾驶的金恩出现了，他在让阿斯兰撤退之后，为了夺取强袭高达而挥舞着重斩刀发动了进攻。虽然玛琉启动了强袭高达的PS（相位转移）装甲扛住了这一刀，但是米格尔进一步发动攻击。为了保护还没来得及逃走的朋友们，基拉接替玛琉以惊人的速度重写了机体的OS。强袭高达终于能够发挥出原本的能力进行反击，把金恩打成了废铁。米格尔只能放弃金恩逃离。虽然靠着基拉克服了危机，但还是有四台高达被夺走了，赫利奥波利斯也遭到了严重的破坏。与朋友们会合之后，基拉等人登上地球联合军的新战舰——大天使号避难，但战舰的机组成员已经损失大半。舰上的战斗力只有强袭高达与穆·拉·弗拉加驾驶的莫比斯零式而已。此时米格尔和阿斯兰再度发动攻势，基拉驾驶着强袭高达出击应战，与阿斯兰再次在战场上相遇了。
米格尔: “别嚣张！自然人哪里会开机动战士！”
强袭对战4“G” 各自的正义
强袭对战4“G” 各自的正义
基拉在崩溃的赫利奥波利斯的残骸中发现了一个救生舱。救生舱的乘客中居然有基拉一直暗恋着的芙蕾·阿尔斯塔。载着难民的大天使号朝着友军的阿尔忒弥斯要塞前进。克鲁泽发现了大天使号的动向，他将夺来的决斗高达、暴风高达、迅雷高达、圣盾高达全部投入战斗。基拉与阿斯兰再次在战场上兵戎相见。基拉以一敌四，再加上实战经验不足，很快强袭高达就因为耗光电量而无法使用相位转移装甲。阿斯兰驾驶圣盾高达乘机发动突击，抓走了强袭高达。所幸穆机智地让强袭高达换装为炮装型强袭高达，基拉总算在苦战之后击退了伊扎克等人。
战斗之后，大天使号离开阿尔忒弥斯，前往尤尼乌斯7进行补给。在这里，基拉救出了P.L.A.N.T的歌姬拉克丝·克莱茵。拉克丝的到来抚慰了基拉受伤的灵魂，因此基拉擅自决定将拉克丝交还给阿斯兰。但他无法回应阿斯兰请他“一起走吧”的邀请，只能转身离开。这是两位好友诀别的瞬间。
基拉: “但是我的伙伴！
......我的朋友都在那艘船上啊！！
我才想问，你为什么要参加什么扎夫特呢？！
为什么要参加战争呢？！”
灼热的沙尘 互相瞄准的枪口
灼热的沙尘 互相瞄准的枪口
大天使号虽然一度与第8舰队汇合，但第8舰队却遭到克鲁泽部队的攻击而全军覆没。大天使号只好单独降落地球，结果不幸落在了扎夫特控制下的利比亚沙漠。基拉再次遇见了曾在赫利奥波利斯见过的神秘少女卡嘉莉。卡嘉莉是当地抵抗组织“黎明沙漠”的成员，在该组织的帮助下大天使号向扎夫特的巴尔特菲尔德部队发起了决战。基拉驾驶强袭高达、穆驾驶空中霸王出击，巴尔特菲尔德与爱夏则乘坐MS拉古参战。战斗非常激烈，最终演变成基拉与巴尔特菲尔德决斗的局面。在拉古的右臂和机翼受损之后，巴尔特菲尔德拒绝了基拉的投降劝告，认为既然彼此已经作为敌人相见，那就必须要战斗到一方被消灭为止。基拉发动了“SEED”能力，用破甲者刺向冲来的拉寇。面对在闪光中爆炸的拉古，基拉发出了号叫。
大天使号离开非洲，前往阿拉斯加基地，它为了躲避扎夫特的追击而逃向中立国奥布。原来卡嘉莉是奥布实际领导人乌兹米·尤拉·阿斯哈的女儿。
基拉: “我......我根本不想杀他们啊！！”
死去的同胞与友人 修罗对修罗
死去的同胞与友人 修罗对修罗
离开奥布的大天使号受到萨拉部队的追击。在这场战斗中，尼可为了掩护阿斯兰而死。再次捕捉到大天使号行踪的萨拉部队为了为尼可报仇而发起了猛攻。阿斯兰驾驶着圣盾高达紧咬着强袭高达不放。因为他觉得是他和基拉害死了年仅15岁、既爱弹钢琴又深得自己喜爱的尼可。愤怒的阿斯兰咆哮着。首次驾驶空中霸王的托尔想要增援基拉而闯入了基拉与阿斯兰的战斗中，结果圣盾高达投出的盾牌直接击中了空中霸王的驾驶舱。托尔当场身亡......基拉发动了“SEED”能力，阿斯兰的“SEED”能力也首次觉醒了，无法抑制的仇恨让两人都变成了修罗恶鬼。阿斯兰驾驶圣盾高达彻底击败了强袭高达，还变为MA形态困住了强袭高达并启动了自爆模式。阿斯兰逃离了机体，被留在原地的强袭高达和圣盾高达在轰鸣声中化为爆炸的闪光。
卡嘉莉在无人岛救出了逃出生天的阿斯兰。卡嘉莉问起基拉的去向，阿斯兰坦言基拉已经被自己杀了。
基拉: “阿斯兰！” 阿斯兰: “我要杀了你！！”
自由之翼降临 应该为何而战
自由之翼降临 应该为何而战
在与阿斯兰的战斗中生还的基拉被偷偷运到P.L.A.N.T的拉克丝官邸接受治疗。基拉得知大天使号陷入危机，一番纠结之后决定还是要返回地球。拉克丝将扎夫特开发的最新型MS——ZGMF-X10A自由高达托付给了已经领悟自己该为何而战的基拉。
扎夫特发动了割喉作战，集中兵力向阿拉斯加基地发动了猛攻。大天使号在扎夫特的包围下陷入了绝境，有着十枚翅膀的MS就在此时降临了。这台以高机动空战形态（High M.A.T. Mode）杀入战场的MS正是由基拉驾驶的自由高达。基拉利用多重锁定系统发起全武器攻击，让周围的机体全都失去了战斗能力。基拉要求敌我双方都撤出战斗区域。
基拉一个人也没杀。这就是他的决心，这就是他新的战斗。
而阿斯兰的父亲帕特里克·萨拉则将ZGMF-X09A正义高达交给了阿斯兰，命令他夺回自由高达。
基拉: “请双方立刻停止战斗，马上撤离战场！”
蠢蠢欲动的蓝色宇宙 终于实现的和解
蠢蠢欲动的蓝色宇宙 终于实现的和解
坚持中立的奥布保护了脱离地球联合军的大天使号。地球联合军为此对奥布发起了侵略。实际掌握军权的是蓝色宇宙组织的阿兹拉埃尔，他将新型的灾厄高达、强夺高达、禁断高达投入了战斗。基拉驾驶自由高达，穆驾驶强袭高达出击，为了保护大天使号和奥布而战。大天使号上的俘虏迪亚卡也驾驶暴风高达增援战斗。在与新型高达的苦战当中，基拉面前出现了一台神秘的MS，正是阿斯兰驾驶的正义高达。这台来路不明的机体让战场充满了紧张气氛。“阿斯兰你是为什么信念而战呢？”被拉克丝的话语所鼓舞的阿斯兰宣布自己不是作为扎夫特一员，而将以自己的意志介入这场战斗，随即对新型高达们发动了攻击。正义高达和自由高达间的配合天衣无缝，根本不像是首次并肩作战，它们很快击败了三台新型高达。基拉和阿斯兰的奋战逼退了地球联合军，离开MS之后，两个人终于自从当初那场死战之后首度见面了。泪眼婆娑的基拉和阿斯兰看着前来迎接他们的卡嘉莉，彼此间终于坦诚相待了。
卡嘉莉: “你们啊！真是两个大傻瓜！！”
受到侵略的奥布 播撒出的希望之种
受到侵略的奥布 播撒出的希望之种
在基拉、阿斯兰、卡嘉莉团结一心的同时，地球联合军舰队中的灾厄高达、强夺高达和禁断高达已经准备着再度出击了。它们的驾驶员奥尔加、克罗特、夏尼三人是利用生物CPU人工强化过的人类。
地球联合军没有回应奥布提出的多次交涉请求，再度对奥布发动了总攻。奥尔加驾驶的灾厄高达使用强化了炮击能力的重武装形态，渐渐歼灭了奥布军的MS部队。克罗特的强夺高达是拥有空战能力的可变MS，不但擅长近距离作战，还能搭载灾厄高达进行合作攻击。夏尼的禁断高达有着巨大背包，展开之后不但可以扭曲敌机发射的光束，还能改变自己发射的光束的方向，从敌人意想不到的角度发起攻击。
这三台高达追击着想要逃往宇宙的大天使号和草薙号。但是基拉与阿斯兰彼此配合，在千钧一发之际阻止了它们，终于让希望之种飞向了宇宙。
乌兹米: “种子飞走了......对于奥布、对于世界来说，这就够了。”
消逝的光芒 应该保卫的世界
消逝的光芒 应该保卫的世界
飞上宇宙的大天使号、草薙号与拉克丝的永恒号汇合，开始为阻止地球联盟与P.L.A.N.T之间的战争而行动。但是地球联合军悍然使用了核导弹，而扎夫特也使用大规模毁灭武器“创世纪”对地球联合军舰队造成了沉重打击。为了摧毁创世纪，地球联合军舰队开始攻击雅金·杜维宇宙要塞。基拉和阿斯兰等人虽然努力干涉地球联合军与扎夫特之间这场毫无意义的战争，但停战依然遥不可及。
劳·鲁·克鲁泽是调整者与自然人之间战争不断激化的幕后黑手。劳一出生就被说成是“没用的克隆人”，因此他想在自己短暂的生命中毁灭全人类。他已经彻底疯狂，击落了芙蕾乘坐的逃生艇。“我还是没能保护她”......基拉因悔恨而泪流满面，芙蕾的灵魂温柔地触碰了他，并对他露出了微笑。
惨剧还在继续，与雅金·杜维自爆联动的创世纪伽玛光束炮就要向射向地球了。阿斯兰通过让正义高达自爆阻止了创世纪发射，并在卡嘉莉的说服下撤退。
基拉驾驶着自由高达与装备着无线制导武器“龙骑兵系统”的神意高达展开激战。他唯一无法原谅的人就是克鲁泽，遍体鳞伤的自由高达用光束军刀刺穿了神意高达。在消灭劳·鲁·克鲁泽的死战之后，基拉在似真似幻的宇宙中漂浮。泪水模糊了基拉的视线，但他看见了阿斯兰与卡嘉莉。
基拉: “我有自己想要守护的世界啊！！”